git diff で行末に ^M が表示されるのは改行コードが CRLF になっているから
git diff で変更箇所の行末に ^M が表示される現象に遭遇しました。
原因
改行コードが CRLF になっていたのが原因でした。
git には空白文字の扱いを決める core.whitespace という設定があり，そこで blank-at-eol が有効になっていると，git diff した際に改行コードの前にある空白文字をエラーとして報告してくれます。
デフォルトでは CR は改行コードの一部ではなく空白文字として扱われるので，改行コードが CRLF になっていると CR の部分がエラーとなり，キャレット記法 ^M で反転表示されます。
解決方法
まず考えられるのは，改行コードをすべて LF にすることです。
改行コードを変更したくない・変更できない事情がある場合は，core.whitespace に cr-at-eol を有効にして CR を改行コードの一部として認識させる方法もあるようです。
$ git config --global core.whitespace cr-at-eol
[core]
whitespace = cr-at-eol
core.autocrlf を true で運用している場合も，この設定を併用するとよいのではないでしょうか。
